Polbangtan Manokwari memiliki tugas dan kewajiban menyelenggarakan pendidikan dan penelitian serta pengabdian kepada masyarakat sesuai dengan peraturan perundang-undangan yang berlaku

Fungsi

1. penyusunan rencana, program, anggaran, dan kerjasama pendidikan;
2. pelaksanaan pendidikan tinggi vokasi pertanian;
3. pelaksanaan penelitian terapan bidang pertanian;
4. pelaksanaan pengabdian kepada masyarakat;
5. pengelolaan administrasi akademik, kemahasiswaan,dan alumni;
6. pengelolaan administrasi umum;
7. pengelolaan teaching factory/ teaching farm, teknologi informasi dan komunikasi, perpustakaan, dan asrama;
8. pembinaan Sivitas Akademika dan hubungan dengan lingkungan;
9. pengembangan sistem penjaminan mutu pendidikan;
10. pelaksanaan sistem pengawasan internal; dan
11. pelaksanaan evaluasi dan pelaporan.